割断常用生物信息学数据库和分析工具网址

2021年1月19日发(作者：易道)
常用生物信息学数据库和分析工具网址

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Nucleotide
Sequence
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Sanger Centre
北京大学生物
信息学中心


数据库信息发
布及其它

GenBank
Release Notes

dbEST summary
report

EMBL release
notes

DDBJ release
notes

Eukaryotic
promoter
database release
notes

/

/collab/

/

/
/



ftp:///genbank/

/dbEST/

/dbget-bin/show man?embl

/ddbjnew/ddbj

/dbget/

SwissProt
release notes

PIR release
notes

PRF release
notes

PDBSTR
release notes

Prosite release
notes

PDB release
notes

KEGG release
notes


核苷酸数据库

GenBank

dbEST

dbSTS

dbGSS

Genome (NCBI)
dbSNP

HTGS

UniGene
EMBL
核苷酸
数据库


Genome (EBI)
向
EMBL
数据
库提交序列

DDBJ

Plant R gene
database



启动子数据库

Eukaryotic
promoter
database



/dbget-bin/show man?swissprot

/dbget- bin/show man?pir

/dbget-bin/show man?prf

/dbget-bin/show man?pdbstr

/dbget-bin/show man?prosite

/dbget- bin/show man?pdb

/dbget-bin/show man?pathway



/

/dbEST/

/dbSTS/

/dbGSS/

/entrez/?db=Genome
/SNP/

/HTGS/

/UniGene/
/embl

/genomes/
/embl/Submission/
/

/rgenes





/dbget/


转录因子数据
库

FRANSFAC
ooTFD

基因注释数据
库

RAP-DB

基因分类数据
库

Gene Ontology
(GO)

蛋白质数据库

SWISS- PROT
或
TrEMBL


PIR

PRF


PDBSTR

Prosite


结构数据库

PDB

NDB


DNA-Binding
Protein
Database

NMR Nucleic
Acids Database
Protein Plus
Database
Swiss 3Dimage


SCOP

CATH












/swissprot/

/sprot/


/pkr/

/

/prosite



/pdb

/NDB/
/
/NDB/structure-finder/dnabind/
ml
/NDB/structure-finder/nmr/
/NDB/structure- finder/protein/
ml
/sw3d/
/scop/
/bsm/cath/


酶、
代谢和调控

路径数据库

KEGG

Enzyme
Nomenclature
Database

Protein Kinase
Resource (PKR)
LIGAND

WIT

EcoCyc
UM-BBD

多种代谢路径
数据库

基因调控路径
数据库
(TRANSPATH)

基因组数据库

禾本科比较基
因组

GrainGene
Botanical Data
日本水稻基因
组

(RGP)
水稻物理图谱


华大水稻基因
组框架图

欧洲水稻测序

（第
12
染色体）

OryGenesDB

（水稻插入突
变体）

Maize genome
Barley genome
Forage grasses
genomes


/Research/barley/
/
/Topics/Species/Grasses/

/projects/rice/fpc



/kegg/
/sprot/
/kinases/
/dbget/
/WIT/
/ecocyc/
/umbbd/
/stc-95/ResTools/biotools/




/calflora/

Triticum
genomes

Arabidopsis
genome
SoyBase
Alfalfa genome
Cotton genome
Glycine max
genome
C. elegans
genome
藻类
（
Chlamydomo
nas
）基因组

粘菌
（
Dictyostelium
）基因组

Animal
genomes
(ArkDB)
FlyBase
Mouse Genome
Informatics

Saccharomyces
Genome
Database
多种基因组数
据库

Rice Mutant
Database

文献数据库

PubMed

OMIM
Agricola
Rice Genetics
Newsletter
Proceedings of
the National
Academy of
/





/PlantGDB/glycine_
/PlantGDB

/chlamy_genome


/.bin/?FBgn0003075
/bin/query_accession?id=MGI:9755
5
/cgi- bin/dbrun/SacchDB?find+Lo
cus+%22PGK1%22
/GenomeWeb



/PubMed/
/Omim/
/ag98/
/newsletters/rice_genetics