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氨氧化古细菌(AOA)的研究进展

作者:高考题库网
来源:https://www.bjmy2z.cn/gaokao
2021-02-05 22:41
tags:

-

2021年2月5日发(作者:最喜欢的英文)


氨氧化古细菌(


AOA


)的研究进展

< p>



摘要一直以来,氨氧化细菌(


AOB


)是硝化反应中负责将


NH4+


转化成为


NO2-


的一类无


机自养微生物。近几年来国外一些学者于海洋中发现氨氧化古细菌(


AO A


)存在,它们同


样广泛存在于土壤、


自然水体、


污水处理厂、


垃圾渗滤液等产生硝化反应的环境中, 负责将


氨转化为亚硝酸盐。甚至在某些生态环境中,


AOA < /p>


占主导地位。概述了国外对不同环境下


氨氧化古细菌种群多样性的 差异,


以及各类环境中共有的氨氧化古细菌种类。


最后,


对今后


氨氧化菌深入研究的方向及其功能作了进一步的展望。



[


关键字


]


:氨氧化古细菌




系统发育



生态分布



Advances on Ecological Research of Ammoniaoxidizing


Abstract



For long times, ammonia oxidation by ammonia-oxidizing bacteria



AOB



is the key


process


in


thenitration


reaction.


These


ammonia-oxidizing


bacteria


are


a


kind


of


inorganic


autotrophic microorganism who have theresponsibility of transferring NH4+ to NO2-. But in these


several years, some foreign researchers found ammonia-oxidizingarchaea



AOA



w ho exist in the


marine.


They


are


generally


in


the


environment


which


contains


nitration


reaction,such


as


soils,


fresh


water,


wastewater


treatment


systems.


soils


and


even


wastewater


treatment.


AOA


have


thesame function as AOB, and in some certain habit, the AOA are the predominant oxidizer. We


also


summarize


thediversity


difference


between


the


AOA


in


various


environments.


Here


we


describe


our


perspectives


for


the


future


researchof


AOA


in


applied


ecology


and


environmental


protection




Keywords



Ammonia- oxidizing archaea; Phylogeny; Ecological distribution


1


氨氧化古细菌在生态环境中的分布



1.1 AOA


的发现


< p>
氨氧化细菌(


AOB


)在泥土、淡水、海水层、河 口以及沉积物等各种生态环境


中已经得到了广泛关注,


并在海洋 的上层和深海层中的生物地球化学循环中起到


了关键作用。但是近年来,越来越多的研究 表明,在氨氧化培养中,有硝化作用


的古细菌在海洋泉古菌中有很高的丰富度。


这在氨氧化菌的研究方面是一个极大


的突破。


L andmark


用独立培养的方法



揭示了有很大一部分泉古菌生长在冰冷的含氧海水中


[1-2]



例如,


海洋泉古菌在


全世界的海洋中 有


1028


之多。这种数量上的优势表明了氨氧化古细菌(< /p>


AOA



在全球生态地球化学循环中占有 重要地位。


2005


年,


Venter


等进一步深入研究


了浮游生物古细菌的新陈代谢能力,


并在含马尾藻海洋中,


通过对


DNA


序列的

打靶,研究了微生物基因的多样性。基于他的发现,一个独特的氨单(加)氧酶


基因 位于相关古细菌的


scaffold


处,


Venter


等认为一些古细菌 也许具有能够执行


化能自养硝化作用的能力


[3]


。同年,


Konneke


等从热带海洋水族馆鱼缸 里的岩


石土壤底层中分离出一株氨氧化古细菌,命名为


Nitr osopumilusmaritimus


。通过


定量


PCR


的测定,证明了这些含丰富泉古菌的培养揭示了氨氧化成亚硝酸 盐的


氧化速率与泉古菌丰富度的增加一致


[4]




1.2


在环境中的分布 及环境因子对其分布的影响硝化反应,


是微生物的连续氧化


过程 ,


将氨氧化到亚硝酸盐再到硝酸盐,


它是生物地球化学氮循环中 关键的一步。


氨氧化微生物催化硝化反应中限速的第一步———氨氧化为亚硝酸盐。


直到前些


年,氨氧化的微生物群落才逐渐开始被研究清楚,


β


-



γ


-


变形 菌纲的好氧无


机化能自养细菌是目前得到肯定的氨氧化微生物群。


但是近几年,


对氨氧化菌的


研究有了很大的变化和进展


[5]


。首先,厌氧氨氧化被



认为是一种生物过程的新分支


[6-7]



不久,


属于泉古菌属的氨氧化古细菌



AOA



的分离培养带来了一次飞跃性的进展< /p>


[4]


。研究发现,在一些不同类型的土壤,

北海、大西洋、太平洋和黑海这些陆地和海洋生态系统中,


AOA


的数量超过了


氨氧化细菌(


AOB


。更进一



步的分子学研究也证明了


AOA


与海 洋海绵体可以共生存


[9-12]


,而且针对

< br>AOA



amoA


基因的很 多研究样品来自范围更广泛的生态环境中


[13-15



16-19]


。硝


化反应中

< br>AOA


的发现是微生物的进化历史和多样性研究的巨大变革。



1.2.1


土壤环境



2006


年,


S. Leininger


等取土壤样品,


通过设定


amoA < /p>


基因和四醚脂


(泉古菌的


特征物质)


对泉古菌可能的生态影响进行量化研究,


发现


AOA


的种群结构在不


同土层深度是不同的,这也反映了可 能存在不同生态类型的


AOA


。同时,通过

为古细菌的


amoA



16SrR NA


基因设计的


5


种不同引物结合体,


得到


AOA



AOB


更占具主导地位的结果


[20]


。这是第一个关于自然湖水的研究,尤其是针


对其中的根际沉积物


__


Francis



[3]


定义的水体


/


沉积物菌种(种


A1


)和土壤


/


沉积物菌种(种


B


,而且它们在微生物根际和非根



际沉积物中的菌种类型是不同的。研究结果表明,在水生植物根际沉积物中,


AOA


在数量上是


AOB



500~8


000


倍。同样的结论在某些土壤生态系统


[22]


和陆生 植物根际环境


[23-24]


中也可以得出。

< br>尽管会呈现空间和季节性的变化,



< br>AOA



ra


的根际环境的 氨氧化群落中,始终占主导位置。这种趋势


暗示了


AOA


很可能比


AOB


更能够适应根际的微 需氧环境或者更能优先利用根


部释放的能源


[25-26]


。在根际土壤中,根系释放的


O2



CO2


等对


AOA


有很大


的影响。


在缺氧条件下培养,


检 测到土壤中


AOA



amoA


基因数量很低,


而且


氨氧化能力也极大地降 低。


Bowatte


等在


2007


年研究了根系周围的


CO2


升高


对根系


AOB



AOA


群落的影响,结果发现


AOB



amoA


基因在根系土壤和


非根系土壤中几乎没有变化;而


AOA



amoA


基因则占多数,


AOA



AOB


的< /p>


范围在


1.2~69.3


。值得一提的是 ,在根际土壤中硝酸盐增加时,古细菌


amoA


< p>
因的


cDNA


拷贝数有显著的增加,这表明了在含 水量大的土壤中,硝酸盐可以


反硝化为氨,增加了古细菌


amo A


基因在


RNA


水平的表达。因此,很有可能


AOA


在水稻根系土壤中古细菌占主导地位


[21]



2008


年,


Tourna


等针对不同环


境因子对氨氧化菌的影响进行研究,他们从苏格兰农业大学、

< p>
Craibstone



Aberdeen



Scotland


采集表层


10 cm


的土壤样品,< /p>


研究发现非嗜热氨氧化泉古


菌的氨氧化作用是以

< br>AOA



AOB



amoA


基因丰富度为基础,而不是


AOA



AOB


的活性。在硝化反应过程中 ,


DGGE



16SrRNA


以及


amoA


基因分析


都没有检测到


AOB


群落结构的变化;而


AOA


在高温培 养时期,群落结构发生


了很大的变化。在高温期,随着


AOA




序列类型相对丰富度的增加,


其群落结构也有很大的变化,


海洋古细菌种有所增

< br>加,


土壤古细菌反而没有增加。


这种现象说明了非嗜热泉 古菌在土壤硝化反应中


起到了重要的作用


[27]




1.2.2


水体环境



众所周知,


海洋是硝化的重要场所,


古细菌在海洋中的微生物群体中占主要优势,



Santa Barbara


海峡,泉古菌门 和亚硝酸盐的浓度显然是随着时间而相互联系。


可以认为古细菌的一个部分重要的作用是 氧化重新矿化的


NH4+


(例如,执行化


能自养硝化作用的第一步)


,更可能的是,也许水体中的


AO A


控制着古细菌更


广泛的模式


[28]


。这些研究都表明,泉



古菌的一些特 定的类群,


主要功能是自养氨氧化。


海洋泉古菌被证明在海洋氨 氧


化反应中起到很重要的作用,


因此对海洋生物化学循环有着不 可忽视的作用。



年来,


< p>
一株自养氨氧化菌


Nitrosopumilusmaritimus < /p>


的培养为一些海洋浮游泉古


菌的氨氧化能力提供了确凿的证明。< /p>


Mincer



2007

< p>
年的研究数据表明,泉古


菌和


Nitrospin a


主要分布在海洋上层透光带地区以下,


只有冬天深层洋流混 合时


期,


这些浮游泉古菌能在表层有适量的分布。


相反的,


广古菌在蒙特雷湾的分布


与浮游泉古菌相关 ,


当亚硝酸盐出现最高值时,


广古菌在表层水体体现高的丰富< /p>


度。


这也说明了这些浮游广古菌可以利用这些亚硝酸盐。


尽管对浮游广古菌的生


理学特性还没有很深入地研究,

< br>但是它们在公共海域的表层透光带地区的分布与


它们基因组中

proteorhodopsin


基因的存在相一致。


2007


年,


Hatzenpichler


等首


次证实了嗜热


AOA


的高丰富度,同时第一次在细胞级别上证实了这些


AOA


属于土壤泉古菌


1.1b



他们在


46


℃的温泉中进行氨氧化富集培养,从中筛 选出氨氧化微生物。经过


16SrRNA


、克隆、


RFLP


筛选并测序,发现温泉中得到的


46 < /p>


组序列均属于土壤


泉古菌


1.1b


,通过


amoA



a moB


基因扩增,相似度都大于


99%


。他们又通过催


化报告分子沉淀


-


荧光原位杂交(


CARD-FISH


) 和膜显微自显影(


MAR


)方法


证明这 些嗜中温古细菌在氨中的代谢活性:当氨浓度在



0.14



0.79


mM



AOA


的活性最高;当氨浓度在


3.08


mmol/L


时对


AOA



活性有部分抑制


[5]


。同年,


Sahan


等对


Westerschelde


入 海口沉积物中的氨氧化


菌的时空分布进行了研究,


amoA < /p>


基因的数值分析表明,盐度、温度、亚硝酸盐


浓度和净初级生产率 对


AOA


的分布有较大的影响。


温度 和盐度的变化使得样品


中的


AOA


群落分离开,


2


月、


3


月和


4


月;


5


月、


7


月和


9


月。


本文中发现净第一生产力的增加使


9


月的样品中


AOA



落增加了几乎


3


倍。另外,虽然亚硝酸盐的浓度对


AOB

种群分布没什么影响,


但是可能对


AOA


的分布有一定的影响。


1999


年,

< br>Murray


等对


Santa Barbara



道的研究也得到了相似的结论。


2006


年,


Wuchter


等对北海的研究 中发现,海


洋泉古菌的丰富度与亚硝酸盐呈正相关,但是


β


-



γ


-


变形菌纲的丰度几乎没


什么变化。当然,用的


[29]




2

< br>氨氧化古细菌(


AOA


)有关


1 6SrRNA



amoA


基因的研究进展



针对硝化反应限制速 率的第一步———氨氧化反应的研究,一直都集中在


AOB


。< /p>


在基于


16SrRNA(


确定了


β


-



γ


-


变形菌纲的


AOB)


的研究中,


AOB


序列分布明


显的地域性与入海口大梯 度变化的盐度,


氨浓度和氧浓度相联系


[30]




amoA


< p>


(


编码了氨加单氧酶的


α



亚基


)


的 研究中,也得到同样类似的结论


[31-32]


。尽

< p>
管这些数据为入海口沉积物中


AOB


的动力学研究 作出了显著贡献,但是目前由


于在硝化反应中发现优势微生物种群———古细菌,


所以有关微生物的氨氧化反


应和硝化反应必须在此基础上进行重新评估 。


古细菌是由一类独一无二、


数量巨


大 的微生物群落组成


[33-35]



仅 在海洋中,


就发现适温古细菌之王———泉古菌


存在,


数量高达


1028



尽 管这类微生物在海洋生物化学循环中的作用还有待进一


步探究,



但是系统发育的多重汇集菌株表明,


多数泉古菌负责氨氧化反应 。


这些在针对氨


加单氧酶(


amo


)基因的宏基因组研究有:与马尾藻海中支架相关联的古细菌中


的< /p>


amo[36]



来自

< br>1.1b


土壤泉古菌中一个


16Sr-RNA


基因,


在相同的


43kb

< p>
宏基因


片段上的


amo[37]

< br>,还有对


Nitrosopumilus maritimus


的培养,它是


1.1a


海洋泉古


菌的一株,


化能自养生长,


将氨氧化成亚硝酸盐,

< p>
同时包含被公认的


amoA


amoB



amoC


基因


[8]



这些基因可以编码尿素酶、


尿素吸收、


氨的转运和硝酸还原酶和


亚硝酸还原 酶。


古细菌的


amoA


基因在海洋和 海底沉积物中的广泛存在表明,



种氧化氨能力是泉古菌的重要 功能,同时也是海洋生物化学循环中的重要反应。


事实上,


In galls


等证明了北太平洋海域中层的古细菌,


其中


83%


是化能自养的—


——与氨氧化反应的要 求相一致


[38]


。古细菌的海绵共生体———


Cenarchaeumsymbiosum


的基因组可以编码一种自养的碳 修复途径,还可以编码



mus


相似 的


amoA



amoB




amoC[39]


。最近 的研究,


Park


等证明


AOA


在硝化废水处理系统中的存在,而


Wuchter


等发现在北海和古细菌的


amoA


基因拷贝数量是细菌的


10~1 000

倍,



时还证明这些海域中大多数浮游泉古菌都是


AOA


,它们在氨氧化中占数量上的


优势


[40]


。相似的结论在土壤分析中也可以得到:古细菌的

< p>
amoA


基因拷贝数是


细菌的


3 000


倍,而且这些基因都与泉古菌特脂相关,例如


crenarchae ol[41]



Beman


等对高营养的亚典型入海口沉积物中的


AOA



AOB


进行研究,发现了


两种


AOA


类群。经数值分析,看到这些


AOA


类群呈现空间结构分布,



一类与


1.1a


泉古菌相关联,另一类与


1.1b


泉 古菌相一致。同时,在所研究的入


海口沉积物中,


AOA


很有可能比


AOB


有更广泛的分布和 丰富度


[42]



2005


年,


Christa


等通过对一些泉 古菌


16SrRNA


或者古细菌特定的核心区基因鉴定,


rRNA


操纵子的结构和多基因分析,低


GC


含量和预测的蛋白都证实了


Crenarchaeol



类来源于这些多基因片断。


尤其是两个编码 与氨单加氧酶亚基有关的蛋白质的基


因(


amoA/B



,这个酶也是硝化细菌氨氧化作用的关键酶。对于这两个基因的辨


认得到了一个结论:非嗜热的泉古菌利用氨作为他们重要的能量来源


[43]


。从样


品中


40


种古细菌的


amoA


基因中得到


16


种不同的克隆型,其中包括深海古细菌


属,


这类菌在北太平洋,


黑海和蒙特雷湾入海口都被检测到。< /p>


在日本东南海水体


中的菌株基本都包含


a moA


基因,这也暗示了古细菌有可能主要负责海洋中化能


自养 硝化反应中的第一步。


由此推断,


与深海古细菌属


amoA


基因相关的


AOA



有可能是东南海


2 000 m < /p>


洋层硝化反应中的重要微生物种群。


海底


0



5 cm


沉积


物中的克隆体大多属于沉积物


A


菌属包含化能自养


AOA



amoA


基因


CandidatusNitrosopumilus Maritimus



。但是它与这个菌属中的其他菌株相似度


并不高,表明它代表了一株深海低温沉积物(


0.2


℃)



中,独立的嗜冷


AOA


< p>
种(


CBK-G3N131


[44]


。研究表明,独特的


AOA

群落与每个地理位置都相关


联,在这些研究区域内,不同的分支往往和单个样品点相 联系。在


Elkhorn


泥沼


的样品 中,


其克隆文库中发现具有不同的丰富度水平和稀少的组合重叠。


来自于


T


ó


bari


区域内部的序列都归属于土壤


/


沉积物的分支,但是 没有一个来自于海湾


口的序列归属于这个分支。


此外,


来自于这个位点内部的古细菌


amoA


文库在 所


研究分析的沉积物文库中多样性是最低的,


其中河口的多样性 最为丰富。


正如早


期间接提到的,旧金山北部海湾的

< p>
amoA


序列也许代表



着一个独特的低盐


AOA


类型。尽管 四种沉积性环境具有完全不同的自然和生物


地球化学的环境,


但 是都含有一个主要的亲缘分支。


这个分支也包括来自于东部


热带 北太平洋———



未归属于任何水体分支的一个序列,


而且这个分支也许代表着全球海洋中所有的


AOA

群落


[28]


。从上述的相关研究看出,氨氧化古细菌大多 分布在低温和中温


的环境中。


直到最近,


在陆地温泉中发现了一种膜表面的脂


crenarchaeol



Torre


-


-


-


-


-


-


-


-



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