-
氨氧化古细菌(
AOA
)的研究进展
摘要一直以来,氨氧化细菌(
AOB
)是硝化反应中负责将
NH4+
转化成为
NO2-
的一类无
机自养微生物。近几年来国外一些学者于海洋中发现氨氧化古细菌(
AO
A
)存在,它们同
样广泛存在于土壤、
自然水体、
污水处理厂、
垃圾渗滤液等产生硝化反应的环境中,
负责将
氨转化为亚硝酸盐。甚至在某些生态环境中,
AOA <
/p>
占主导地位。概述了国外对不同环境下
氨氧化古细菌种群多样性的
差异,
以及各类环境中共有的氨氧化古细菌种类。
最后,
对今后
氨氧化菌深入研究的方向及其功能作了进一步的展望。
[
关键字
]
:氨氧化古细菌
系统发育
生态分布
Advances on
Ecological Research of Ammoniaoxidizing
Abstract
:
For long
times, ammonia oxidation by ammonia-oxidizing
bacteria
(
AOB
)
is the key
process
in
thenitration
reaction.
These
ammonia-oxidizing
bacteria
are
a
kind
of
inorganic
autotrophic microorganism who have
theresponsibility of transferring NH4+ to NO2-.
But in these
several years, some
foreign researchers found ammonia-oxidizingarchaea
(
AOA
)
w
ho exist in the
marine.
They
are
generally
in
the
environment
which
contains
nitration
reaction,such
as
soils,
fresh
water,
wastewater
treatment
systems.
soils
and
even
wastewater
treatment.
AOA
have
thesame
function as AOB, and in some certain habit, the
AOA are the predominant oxidizer. We
also
summarize
thediversity
difference
between
the
AOA
in
various
environments.
Here
we
describe
our
perspectives
for
the
future
researchof
AOA
in
applied
ecology
and
environmental
protection
.
Keywords
:
Ammonia-
oxidizing archaea; Phylogeny; Ecological
distribution
1
氨氧化古细菌在生态环境中的分布
1.1 AOA
的发现
氨氧化细菌(
AOB
)在泥土、淡水、海水层、河
口以及沉积物等各种生态环境
中已经得到了广泛关注,
并在海洋
的上层和深海层中的生物地球化学循环中起到
了关键作用。但是近年来,越来越多的研究
表明,在氨氧化培养中,有硝化作用
的古细菌在海洋泉古菌中有很高的丰富度。
这在氨氧化菌的研究方面是一个极大
的突破。
L
andmark
用独立培养的方法
揭示了有很大一部分泉古菌生长在冰冷的含氧海水中
[1-2]
,
例如,
海洋泉古菌在
全世界的海洋中
有
1028
之多。这种数量上的优势表明了氨氧化古细菌(<
/p>
AOA
)
在全球生态地球化学循环中占有
重要地位。
2005
年,
Venter
等进一步深入研究
了浮游生物古细菌的新陈代谢能力,
并在含马尾藻海洋中,
p>
通过对
DNA
序列的
打靶,研究了微生物基因的多样性。基于他的发现,一个独特的氨单(加)氧酶
基因
位于相关古细菌的
scaffold
处,
Venter
等认为一些古细菌
也许具有能够执行
化能自养硝化作用的能力
[3]
。同年,
Konneke
等从热带海洋水族馆鱼缸
里的岩
石土壤底层中分离出一株氨氧化古细菌,命名为
Nitr
osopumilusmaritimus
。通过
定量
PCR
的测定,证明了这些含丰富泉古菌的培养揭示了氨氧化成亚硝酸
盐的
氧化速率与泉古菌丰富度的增加一致
[4]
。
1.2
在环境中的分布
及环境因子对其分布的影响硝化反应,
是微生物的连续氧化
过程
,
将氨氧化到亚硝酸盐再到硝酸盐,
它是生物地球化学氮循环中
关键的一步。
氨氧化微生物催化硝化反应中限速的第一步———氨氧化为亚硝酸盐。
p>
直到前些
年,氨氧化的微生物群落才逐渐开始被研究清楚,
β
-
和
γ
-
变形
菌纲的好氧无
机化能自养细菌是目前得到肯定的氨氧化微生物群。
但是近几年,
对氨氧化菌的
研究有了很大的变化和进展
[5]
。首先,厌氧氨氧化被
认为是一种生物过程的新分支
[6-7]
;
不久,
属于泉古菌属的氨氧化古细菌
(
AOA
)
的分离培养带来了一次飞跃性的进展<
/p>
[4]
。研究发现,在一些不同类型的土壤,
北海、大西洋、太平洋和黑海这些陆地和海洋生态系统中,
AOA
的数量超过了
氨氧化细菌(
AOB
)
。更进一
步的分子学研究也证明了
AOA
与海
洋海绵体可以共生存
[9-12]
,而且针对
< br>AOA
的
amoA
基因的很
多研究样品来自范围更广泛的生态环境中
[13-15
,
16-19]
。硝
化反应中
< br>AOA
的发现是微生物的进化历史和多样性研究的巨大变革。
1.2.1
土壤环境
2006
年,
S.
Leininger
等取土壤样品,
通过设定
amoA <
/p>
基因和四醚脂
(泉古菌的
特征物质)
p>
对泉古菌可能的生态影响进行量化研究,
发现
AOA
的种群结构在不
同土层深度是不同的,这也反映了可
能存在不同生态类型的
AOA
。同时,通过
为古细菌的
amoA
和
16SrR
NA
基因设计的
5
种不同引物结合体,
得到
AOA
比
AOB
更占具主导地位的结果
p>
[20]
。这是第一个关于自然湖水的研究,尤其是针
对其中的根际沉积物
__
Francis
等
[3]
定义的水体
/
沉积物菌种(种
A1
)和土壤
p>
/
沉积物菌种(种
B
)
,而且它们在微生物根际和非根
际沉积物中的菌种类型是不同的。研究结果表明,在水生植物根际沉积物中,
AOA
在数量上是
AOB
的
500~8
000
倍。同样的结论在某些土壤生态系统
[22]
和陆生
植物根际环境
[23-24]
中也可以得出。
< br>尽管会呈现空间和季节性的变化,
但
是
< br>AOA
在
ra
的根际环境的
氨氧化群落中,始终占主导位置。这种趋势
暗示了
AOA
很可能比
AOB
更能够适应根际的微
需氧环境或者更能优先利用根
部释放的能源
[25-26]
p>
。在根际土壤中,根系释放的
O2
、
CO2
等对
AOA
有很大
的影响。
在缺氧条件下培养,
检
测到土壤中
AOA
的
amoA
p>
基因数量很低,
而且
氨氧化能力也极大地降
低。
Bowatte
等在
2007
年研究了根系周围的
CO2
升高
对根系
AOB
和
AOA
群落的影响,结果发现
AOB
的
amoA
基因在根系土壤和
非根系土壤中几乎没有变化;而
AOA
的
amoA
基因则占多数,
AOA
∶
AOB
的<
/p>
范围在
1.2~69.3
。值得一提的是
,在根际土壤中硝酸盐增加时,古细菌
amoA
基
因的
cDNA
拷贝数有显著的增加,这表明了在含
水量大的土壤中,硝酸盐可以
反硝化为氨,增加了古细菌
amo
A
基因在
RNA
水平的表达。因此,很有可能
AOA
在水稻根系土壤中古细菌占主导地位
[21]
。
2008
年,
Tourna
等针对不同环
境因子对氨氧化菌的影响进行研究,他们从苏格兰农业大学、
Craibstone
、
Aberdeen
p>
、
Scotland
采集表层
10 cm
的土壤样品,<
/p>
研究发现非嗜热氨氧化泉古
菌的氨氧化作用是以
< br>AOA
和
AOB
中
amoA
基因丰富度为基础,而不是
AOA
和
AOB
的活性。在硝化反应过程中
,
DGGE
和
16SrRNA
以及
amoA
基因分析
都没有检测到
AOB
群落结构的变化;而
AOA
在高温培
养时期,群落结构发生
了很大的变化。在高温期,随着
AOA
的
序列类型相对丰富度的增加,
p>
其群落结构也有很大的变化,
海洋古细菌种有所增
< br>加,
土壤古细菌反而没有增加。
这种现象说明了非嗜热泉
古菌在土壤硝化反应中
起到了重要的作用
[27]
。
1.2.2
水体环境
众所周知,
海洋是硝化的重要场所,
古细菌在海洋中的微生物群体中占主要优势,
在
Santa Barbara
海峡,泉古菌门
和亚硝酸盐的浓度显然是随着时间而相互联系。
可以认为古细菌的一个部分重要的作用是
氧化重新矿化的
NH4+
(例如,执行化
能自养硝化作用的第一步)
,更可能的是,也许水体中的
AO
A
控制着古细菌更
广泛的模式
[28]
。这些研究都表明,泉
古菌的一些特
定的类群,
主要功能是自养氨氧化。
海洋泉古菌被证明在海洋氨
氧
化反应中起到很重要的作用,
因此对海洋生物化学循环有着不
可忽视的作用。
近
年来,
一株自养氨氧化菌
Nitrosopumilusmaritimus <
/p>
的培养为一些海洋浮游泉古
菌的氨氧化能力提供了确凿的证明。<
/p>
Mincer
等
2007
年的研究数据表明,泉古
菌和
Nitrospin
a
主要分布在海洋上层透光带地区以下,
只有冬天深层洋流混
合时
期,
这些浮游泉古菌能在表层有适量的分布。
相反的,
广古菌在蒙特雷湾的分布
与浮游泉古菌相关
,
当亚硝酸盐出现最高值时,
广古菌在表层水体体现高的丰富<
/p>
度。
这也说明了这些浮游广古菌可以利用这些亚硝酸盐。
尽管对浮游广古菌的生
理学特性还没有很深入地研究,
< br>但是它们在公共海域的表层透光带地区的分布与
它们基因组中
proteorhodopsin
基因的存在相一致。
2007
年,
Hatzenpichler
等首
次证实了嗜热
AOA
的高丰富度,同时第一次在细胞级别上证实了这些
AOA
p>
属于土壤泉古菌
1.1b
。
他们在
46
℃的温泉中进行氨氧化富集培养,从中筛
选出氨氧化微生物。经过
16SrRNA
、克隆、
RFLP
筛选并测序,发现温泉中得到的
46 <
/p>
组序列均属于土壤
泉古菌
1.1b
,通过
amoA
、
a
moB
基因扩增,相似度都大于
99%
。他们又通过催
化报告分子沉淀
-
荧光原位杂交(
CARD-FISH
)
和膜显微自显影(
MAR
)方法
证明这
些嗜中温古细菌在氨中的代谢活性:当氨浓度在
0.14
和
0.79
mM
时
AOA
的活性最高;当氨浓度在
3.08
mmol/L
时对
AOA
的
活性有部分抑制
[5]
。同年,
Sahan
等对
Westerschelde
入
海口沉积物中的氨氧化
菌的时空分布进行了研究,
amoA <
/p>
基因的数值分析表明,盐度、温度、亚硝酸盐
浓度和净初级生产率
对
AOA
的分布有较大的影响。
温度
和盐度的变化使得样品
中的
AOA
群落分离开,
2
月、
3
月和
4
月;
5
月、
7
月和
9
月。
本文中发现净第一生产力的增加使
9
月的样品中
AOA
群
落增加了几乎
3
倍。另外,虽然亚硝酸盐的浓度对
AOB
种群分布没什么影响,
但是可能对
AOA
的分布有一定的影响。
1999
年,
< br>Murray
等对
Santa Barbara
p>
渠
道的研究也得到了相似的结论。
2006
年,
Wuchter
等对北海的研究
中发现,海
洋泉古菌的丰富度与亚硝酸盐呈正相关,但是
β
p>
-
和
γ
-
p>
变形菌纲的丰度几乎没
什么变化。当然,用的
[29]
。
2
< br>氨氧化古细菌(
AOA
)有关
1
6SrRNA
和
amoA
基因的研究进展
针对硝化反应限制速
率的第一步———氨氧化反应的研究,一直都集中在
AOB
。<
/p>
在基于
16SrRNA(
确定了
β
-
和
γ
-
变形菌纲的
AOB)
的研究中,
p>
AOB
序列分布明
显的地域性与入海口大梯
度变化的盐度,
氨浓度和氧浓度相联系
[30]
;
在
amoA
基
因
(
编码了氨加单氧酶的
α
亚基
)
的
研究中,也得到同样类似的结论
[31-32]
。尽
管这些数据为入海口沉积物中
AOB
的动力学研究
作出了显著贡献,但是目前由
于在硝化反应中发现优势微生物种群———古细菌,
所以有关微生物的氨氧化反
应和硝化反应必须在此基础上进行重新评估
。
古细菌是由一类独一无二、
数量巨
大
的微生物群落组成
[33-35]
,
仅
在海洋中,
就发现适温古细菌之王———泉古菌
存在,
数量高达
1028
。
尽
管这类微生物在海洋生物化学循环中的作用还有待进一
步探究,
但是系统发育的多重汇集菌株表明,
多数泉古菌负责氨氧化反应
。
这些在针对氨
加单氧酶(
amo
p>
)基因的宏基因组研究有:与马尾藻海中支架相关联的古细菌中
的<
/p>
amo[36]
,
来自
< br>1.1b
土壤泉古菌中一个
16Sr-RNA
基因,
在相同的
43kb
宏基因
片段上的
amo[37]
< br>,还有对
Nitrosopumilus maritimus
的培养,它是
1.1a
海洋泉古
菌的一株,
化能自养生长,
将氨氧化成亚硝酸盐,
同时包含被公认的
amoA
、
amoB
、
amoC
基因
[8]
,
这些基因可以编码尿素酶、
尿素吸收、
氨的转运和硝酸还原酶和
亚硝酸还原
酶。
古细菌的
amoA
基因在海洋和
海底沉积物中的广泛存在表明,
这
种氧化氨能力是泉古菌的重要
功能,同时也是海洋生物化学循环中的重要反应。
事实上,
In
galls
等证明了北太平洋海域中层的古细菌,
其中
83%
是化能自养的—
——与氨氧化反应的要
求相一致
[38]
。古细菌的海绵共生体———
Cenarchaeumsymbiosum
的基因组可以编码一种自养的碳
修复途径,还可以编码
于
mus
相似
的
amoA
、
amoB
、
amoC[39]
。最近
的研究,
Park
等证明
AOA
在硝化废水处理系统中的存在,而
Wuchter
等发现在北海和古细菌的
amoA
基因拷贝数量是细菌的
10~1 000
倍,
同
时还证明这些海域中大多数浮游泉古菌都是
AOA
,它们在氨氧化中占数量上的
优势
[40]
。相似的结论在土壤分析中也可以得到:古细菌的
amoA
基因拷贝数是
细菌的
3 000
p>
倍,而且这些基因都与泉古菌特脂相关,例如
crenarchae
ol[41]
。
Beman
等对高营养的亚典型入海口沉积物中的
AOA
和
AOB
进行研究,发现了
两种
AOA
类群。经数值分析,看到这些
AOA
类群呈现空间结构分布,
一类与
1.1a
泉古菌相关联,另一类与
1.1b
泉
古菌相一致。同时,在所研究的入
海口沉积物中,
AOA
很有可能比
AOB
有更广泛的分布和
丰富度
[42]
。
2005
年,
Christa
等通过对一些泉
古菌
16SrRNA
或者古细菌特定的核心区基因鉴定,
rRNA
操纵子的结构和多基因分析,低
GC
含量和预测的蛋白都证实了
Crenarchaeol
脂
类来源于这些多基因片断。
尤其是两个编码
与氨单加氧酶亚基有关的蛋白质的基
因(
amoA/B
)
,这个酶也是硝化细菌氨氧化作用的关键酶。对于这两个基因的辨
p>
认得到了一个结论:非嗜热的泉古菌利用氨作为他们重要的能量来源
[43]
。从样
品中
40
种古细菌的
amoA
基因中得到
p>
16
种不同的克隆型,其中包括深海古细菌
属,
这类菌在北太平洋,
黑海和蒙特雷湾入海口都被检测到。<
/p>
在日本东南海水体
中的菌株基本都包含
a
moA
基因,这也暗示了古细菌有可能主要负责海洋中化能
自养
硝化反应中的第一步。
由此推断,
与深海古细菌属
amoA
基因相关的
AOA
很
有可能是东南海
2 000 m <
/p>
洋层硝化反应中的重要微生物种群。
海底
0
~
5 cm
沉积
物中的克隆体大多属于沉积物
A
菌属包含化能自养
AOA
的
amoA
基因
“
CandidatusNitrosopumilus Maritimus
p>
”
。但是它与这个菌属中的其他菌株相似度
并不高,表明它代表了一株深海低温沉积物(
0.2
℃)
中,独立的嗜冷
AOA
菌
种(
CBK-G3N131
)
[44]
。研究表明,独特的
AOA
群落与每个地理位置都相关
联,在这些研究区域内,不同的分支往往和单个样品点相
联系。在
Elkhorn
泥沼
的样品
中,
其克隆文库中发现具有不同的丰富度水平和稀少的组合重叠。
来自于
T
ó
bari
区域内部的序列都归属于土壤
/
沉积物的分支,但是
没有一个来自于海湾
口的序列归属于这个分支。
此外,
来自于这个位点内部的古细菌
amoA
文库在
所
研究分析的沉积物文库中多样性是最低的,
其中河口的多样性
最为丰富。
正如早
期间接提到的,旧金山北部海湾的
amoA
序列也许代表
着一个独特的低盐
AOA
类型。尽管
四种沉积性环境具有完全不同的自然和生物
地球化学的环境,
但
是都含有一个主要的亲缘分支。
这个分支也包括来自于东部
热带
北太平洋———
未归属于任何水体分支的一个序列,
而且这个分支也许代表着全球海洋中所有的
AOA
群落
[28]
。从上述的相关研究看出,氨氧化古细菌大多
分布在低温和中温
的环境中。
直到最近,
在陆地温泉中发现了一种膜表面的脂
crenarchaeol
。
Torre
等
-
-
-
-
-
-
-
-
-
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