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一、
SNP
相关分析
保守性分析
VISTA
/vista/
根据格式填写所查询的
SNP
信息
（注意是范围，
不是位点，
可根据
position
上下加减
1000
）
。
选择需要比对的物种，添加进去。
UCSC
/
输入
相关信息，
submit
。
缩小范围查看。
影响转录因子的结合
将
SNP
序列分别以突变前后两序列分别输入，
观察包
含
SNP
位点
（
59
个碱基，
一般在序列
的第
27
位）在内的转录因子的变化。
以
rs1801282
，
AAACTCTGGGAGA
TTCTCCTA
TTGAC[
C/G]CAGAAAGCGA
TTCCTTCACTGATAC
为例。
TF search
/research/db/
结果为
A
P-1(+)
。
Jaspar
/
选择脊椎动物数据库，
只勾选物种是
人的
model
。
< br>分
2
次输入同一
SNP
的突变前后序列。
注意输入格式。
结果为
f
oxo1,SOX9,sox6,CEBPA,RORA2,RORA1,CDX2,ELK(-)/CREB1
,Ets1,sox3,ELK4,erg(+)
。
TRANSFAC
/pub/programs/alibaba2/
结果为
ER(-)
< br>。
影响
miRNA
的结合
miRWalk
包括
Diana-m
icroT
、
miRanda
、
miRDB
、
PICTAR
< br>、
PITA
、
RNA22
、
RNAhybrid
、
Targetscan
这几个数据。
/apps/zmf
/mirwalk/
（
1
）
miRbase<
/p>
：
众所周知的
microRNA
基因注释数据库。
目前
miRBase
只提供了
microRNA
的靶标的预测软件的
链接（如：
PicTar
）
。最新版本
发布时间：
2010
年
9
月。网址：
/
（
2
）
starBase
：一个高通量实验数据<
/p>
CLIP-Seq
（或称为
HITS-C
LIP
）和
mRNA
降解组测序
数据支持的
microRNA
靶标数据库
,
整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。
最新版本发布时间：
2010
年
11
月。
网址：
/
（
3
）
Tarbase
：一个收集已被实
验验证的
microRNA
靶标数据库。最新版本发布时间：<
/p>
2009
年
1
月
（
v5
）
。网址：
/tarbase/
（
4
）
miRecords
：一个整合的
micr
oRNA
靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。
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