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RefSeq:NCBI参考序列

作者:高考题库网
来源:https://www.bjmy2z.cn/gaokao
2021-02-27 21:33
tags:

-

2021年2月27日发(作者:musy)


关于


RefSeq



N CBI


参考序列





N


CBI


的 参考序列计划(


RefSeq


)将为中心法则中自然存在的分子 ,从染色体到


mRNA


到蛋白提供参考序列标准。


RefSeq


标准为人类基因组的功能注解提供一


个 基础。它们为突变分析,基因表达研究,和多态发现提供一个稳定的参考点。



范围:目前,


RefSeq


记录为下列分子类型 和基因组提供:



分子




登录格式




基因组



Archaea, Bacterial, Organelle, Virus, Viroid



原核生物,细菌,细胞器,病毒,疫苗



Eukaryote



真核生物



Plasmid



质粒



Homo sapiens



人类



Limited Vertebrate



Homo sapiens

< p>


Musmusculus


Rattus norvegicus




有限的脊椎动物,人类,小鼠,大鼠。



All of the above



所有以上的



Complete Genome



NC_######



完整基因组



Complete


Chromosome



完整染色体




Complete


Sequence



完整序列



NC_######



NC_######



NC_######



NC_######



NC_######



Genomic Contig



NT_######



基因组


Contig



NT_######



mRNA



mRNA



Protein



蛋白




NM_######



NM_######



NP_######



NP_######



脊椎动物


mRNA/


蛋白构建步骤:



1 / 10


RefSeq


记录通过以下步骤创建:



确定代表不同基因的序列



建立正确的基因名字到登录号的联系



确定完整范围的可以获得的序列数据



创建一个新的有以下状态的参考序列


(RefSeq)


记录



预测的



临时的



临时的


RefSeq


记录被一个生物学家再检查,


他确定一开始的名 字到序列的关联,


加上一些包括基因功能概要的信息,更重要的是用其他可获得的


GenBank


记录


来更正,重新注解,或扩 充序列数据。预测的,临时的和检查过的


RefSeq


记录


通过


NCBI Entrez


检索系统,< /p>


BLAST


数据库,


FTP


,和


LocusLink


网站让公众获


得。



最近发表的文章



1. Introducing RefSeq and LocusLink: curated human genome resources at the NCBI.


Pruitt KD, Katz KS, Sicotte H, Maglott DR Trends Genet. 2000 Jan;16(1):44-47.



2. NCBI's LocusLink and RefSeq Maglott DR, Katz KS, Sicotte H, Pruitt KD Nucleic


Acids Res 2000 Jan 1;28(1):126-128



FAQ



什么是参考序列?



NCBI


参考序列计划提供了校正的序列数据和相关的信息,


给同行提供使用的 标


准。


GenBank


是一个序列的存 储池,


RefSeq


数据库将是一个参考序列的非冗余




合,


包括构建的基 因组


contig



mRNA



蛋白,


和,


在未来,


整个染色体。


RefSeq


2 / 10


记录是有三种可以获得的状态:预测的,临时的和检查过的。检



查过的记录代


表了我们目前关于一个基因和它的转录子的知识的 汇编。


在检查的过程中,


我们


整合了更 多的信息,只要是可以获得,如序列数据,发表物,命名,和



特征注


解,都来自于很多


GenBank


记录,人类基因组命名委员会,和


OMIM




The initial release of RefSeq records includes human mRNA and protein reference


sequences. The current scope is limited to human sequences but other organisms will


be added in the future.



最开始的


RefSeq


记录版本包括人类


mRNA


和蛋白参考序列。


目前的范围只局限


于人类序列,但是其他物种的将在未来加入。



我如何引用


RefSeq


记录?



引用


RefSeq


登录号和


LocusID


以及


RefSeq

< p>
网页



/LocusLink


/


)是恰当地。特定的使用


Re fSeq


网页的引用格式依据你文章将发表


的刊物的编辑方法而 定。可以参考这个网站,列出了许多电子文件引用指南:


/I/training



/citation/



< p>
我如何访问


RefSeq


记录?

< br>


RefSeq


记录可以通过各种


NCBI


资源来访问,包括:



BLAST


NM_######


记录是在核苷酸非冗余数据库中



< p>
NP_######


记录是在蛋白非冗余数据库中



Entrez


NM_######



NT_######


记录是在


En trez


核酸中



< /p>


NP_######


记录是在


Entre z


蛋白中。



3 / 10


Entrez


基因组部分


< p>
NC_######


记录代表完整的基因组,和染色体,完成的和正


在进行的,出现在基因组页面上。



FTP


NM_*



NP_*

< br>记录是在


/refseq


目录下;


对人类的


NT_*


记录可以按染色体


数字从


/genbank/genomes/H_sapiens/*

< br>目录下下载,当第一次


的完整版本建立后还将加到


ref seq


目录下。将来


NC_*


记录


将被加入。参考


FTP README


文件获得更多的信息。



人类基因组测序



为人类


contigs



NT_######


记录只有在人类基因组测序页面上


通过


BLAST< /p>


查询可以被图形的看到,下载,或访问



LocusLink


LocusLink


记录提供链接到


NM_######



NP_######


记录。


LocusLink


可以通过文本条件的


RefSeq


登录 号被查询,


参见


LocusLink FAQ


取得查询技巧。



通过


Entrez


查询检索


NM_

< br>和


NP_ RefSeq


记录:



RefSeq


记录可以被通过不同的


E ntrez


查询来检索:



查询结果样本



NM_003988


一个关于


PAX2


< br>isoform c



RefSeq

< br>记录被


返回。



PAX2[Gene Name]


这返回


17


记录包括

< br>5



PAX2 RefSeq



录。



PAX2[Gene Name] AND srcdb_refseq[properties]


这个查询仅检索含有


5


个不同


剪切本的


P AX2 RefSeq


记录的集合。



srcdb_refseq[prop] AND provisional[all]


这个查询返回所有临时的


RefSeq



录集合。



4 / 10


srcdb_refseq[prop] AND biomol_mRNA[prop] NOT provisional[all]


这个查询返回


所有检查过的


RefSeq

记录集合。



确定在


BLAST< /p>


结果中的


NM_



NP_ RefSeq


记录:



这个 不同的


RefSeq


登录号的格式


(它 们包括一个下划线)


提供一个快捷的指示:


这个


BLAST


结果包括了一个


RefSeq


记录。




Score


E


Sequences producing significant alignments:


(bits)


Value


ref|NM_000014.1|A2M|


Homo sapiens alpha-2-ma...


9073


^


^


|


|


|


RefSeq


登录号有一个不同的格式



“ref”


表明了


RefSeq


数据库



什么是一个


RefSeq


记录与其他区别的特点?



RefSeq


记录区别与其他


GenBank


记录在:



使用一个特殊的登录号



显示来源信息 ,由


RefSeq


打头,在


Comme nt


字段的第一行



一致的使用可获得的官方命名



包括< /p>


OMIM



LocusLink dbxrefs


在基因特性中



蛋白记 录指明


RefSeq


作为


DBSOUR CE



登录号格式



序列类型



NT_123456


构建的基因组


contigs



NM_123456


mRNAs



5 / 10


0.0

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