Oligo引物设计软件使用方法

2021年3月1日发(作者：military)

作为目前最好、

最专业得引物设计软件

,Oli

ｇ

o

得功能很强

,

在这里我们介绍它得一些主要功

能

:

如

:

普通引物对得搜索、

< p>
测序引物得设计、

杂交探针得设计以及评估引物对质量等等。

??

在

正式进行引物设计前

,

我们首先面临得一个任务就就是向Ｏ

ligo

程序导入模板序列

,

根据不同

得实验情况，导入模板有三种方法：

1

，

直接用键盘输入：

a,

< p>
点击

f

ｉｌ

e

< p>
菜单中得Ｎ

ew

Seq

ｕ

ence

< br>浮动命令

,

或直接点击工具栏中得

New

Seq

ｕ

ence

命令，进入序列展示窗口

;

b

，

此时即 可键入

DNA

序列；

?

ｃ

,

如果需要得话

,Oli

ｇ

o

提供碱基回放功能，在边键入时< /p>

边读出碱基，防止输入错误。点击

Edi

ｔ菜单中得“

Read

ｂ

a

< p>
ｃｋ

on

”即可。

?

２

,

利用

复制与粘贴

:

当我们序列已经作为ＴＸ

T

文件存在或其它

o

ｌ

igo

不能直接ｏ

pen

得文件格式

,

如

wor d

文件、

html

格式

,

这个功能就显得很有用了。在相应文件中复制序列后在序列展示

窗口粘贴，ｏ

ligo

会自动去除非碱基字符

.

当序列输入或粘贴完成后

,

点击

A

ｃ

cept/

Ｄｉｓ

card

菜单中得

Ac

ｃ

ep

ｔ浮动命令，

< p>
即可进入引物设计模式。

3

?

，

如果序列已经保存为

Se

ｑ格式或者

FA

ＳＴ

A,Gen

Ｂ

an

ｋ格式时，ｏ

ligo

就可以直接打开序列文件

.

点击

Fil

ｅ菜单中得“Ｏ

pen

”浮动命令，找到所需文件，打开即可。

进入引物设计模式后

,o

ｌ

igo

一般会弹出三个窗口

,

分别就是６－碱基频率窗口

,

碱基退火温

度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，

其中得退火温度窗口就是我们引物设计得主窗口 ，

其

它得两个窗口则在设计过程中起辅助作用

< br>,

比如

6

—碱基频率窗口可以使 我们很直观地瞧到

所设计引物在相应物种基因组中得出现频率，

如果我们得模板就是基因组

D

ＮＡ或混合ＤＮ

< br>A

时

,

该信息就显得有用了

,

而内部稳定性窗口则可以显示引物得

5'

端稳定性就是否稍高于

3

’

< p>
端等。

?

一，普通引物对得搜索：

?

以Ｍ

ous

ｅ

４

E(cDN

Ａ序列）为 例。我们得目得就是以

Mo

ｕ

se 4E

（

2361

ｂ

< br>p

）为模板，设计一对引物来扩增出

600

－

800

ｂ

p

长得

pcr

产物

.

1

，点击“

Se

ａ< /p>

r

ｃ

h

“菜单中 得

ｒ

Ｐ

r

ｉ

m

ｅ

r

ｓ

and

Ｐ

ro

ｂ

e

ｓ“命令

,

进入引物搜索

对话框；

2

?

，由于我们要设计得就 是一对

PCR

引物，因此正、负链得复选框都要选上

< p>
,

同时

选上ｐ

atib< /p>

ｌ

e pairs.

在

Olig

ｏ默认得状态下，对此引物对得要求有

:a< /p>

，无二聚体；

b

，３’端高度特异，

GC

含

量有限定

, d,

去除错误引发引物等。

3

，剩下得工作就是确定上、下游引物得位置及

P

Ｃ

R

产物得长度以及引物设计参数。

①单击

:

“

s

ｅａ

r

ｃ

h Ranges

”按钮，弹出“

Se

ａ< /p>

r

ｃ

h R

ａ< /p>

nge

ｓ”对话框。输入上游引物

得范围

:1

—２

000,

下游引物得位置：１

00-2300

；

PCR

产物得长度

60

０—８

00bp

。

②单 击“

Paramat

ｅ

rs

< p>
”按钮进入“

Sea

ｒｃｈ

Ｐａｒａｍ

e

ｔ

< br>ers

”对话框

,

对话框种分三

个活页，分别就是：不同设定

,

参数以 及更多参数。

③在“普通设定”窗口，为我们提供了对引物非 常直观得设定方法

,

从高到低分六个等级，

最后还有一个用户定制选项。

④当我们对引物得各种参数 得含义及应该设定多大值并不就是特别清楚时，

就可以直接设定

Very

ｈ

igh/H

ｉ

< p>
gh

等来完成对引物设计参数得设定。

?

⑤当我们选中“

Automat

ｉ

c

ａ

ll

ｙ

C

ｈ

a

ｎ

ge St

ｒ

ing

< p>
”后，

Oli

ｇ

o

会在引物搜索过程中

:

如果在高等级设定中无 法找到引

物对时自动降低一个定级来进行搜索，知道找到引物对。在设计反向

< p>
PCR

引物对时

,

就选中

“Ｉ

nve

ｒｓｅ

ＰＣ

R

”复选框。

⑥我们还可以让引物得长度可以改变，以适应设定得Ｔ

m

值或

PE?

（Ｐ

rime

Effitions

，

引发效率）

。

也可以限定所选引物对得最大数目。

?

⑦在

“

Pa

ｒ

ame

ｔ

ers

窗口中，

实际上需

要我们改动得只有引物得 长度，根据试验得要求作相应得改变，如

23nt.

其她参数就 使用

Oligo

得默认值

,

< p>
一般无需改变。在“

More Par

ａ

m

ｅ

t

ｅ

rs

“窗口中，一般也无需作任何改

变，

< p>
直接用

Oligo

得默认值

.4

?

，

点击

“确认

－

“

Ok

进入搜索窗口，

再次单击

“Ｏ

K

”

后

,Oli< /p>