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Oligo中文使用手册

作者:高考题库网
来源:https://www.bjmy2z.cn/gaokao
2021-03-01 12:10
tags:

-

2021年3月1日发(作者:被击毙)


Oligo


—引物设计软件电子教程(引物设计和评估)



Oligo


使用方法介绍作为目前最好、最专业的引 物设计软件,


Oligo


的功能很强,


在这里我们介绍它的一些主要功能:如:普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交


探针 的设计以及评估引物对质量等等。



< br>在正式进行引物设计前,我们首先面临的一个任务就是向


Oligo


程序导入模板序


列,根据不同的实验情况,导入模板有三种方法:

< p>


1.


直接用键盘输入:



a.


点击


file

菜单中的


New


Sequence


浮动命令,或直接点击工具栏中的


New

Sequence


命令,进入序列展示窗口;


< p>
b.


此时即可键入


DNA


序列;



c.


如果需要的话,


Oligo


提供碱基回放功能,在边键入时边读出碱基,防止输入错误。


点击


Edit


菜单中的“Readba ck on”即可。



2.


利用复制和 粘贴:


当我们序列已经作为


TXT


文件 存在或其它


oligo


不能直接


ope n



文件格式,如


word

< p>
文件


.html


格式,这个功能就显得很有用了。 在相应文件中复制序


列后在序列展示窗口粘贴,


oligo


会自动去除非碱基字符。当序列输入或粘贴完成后,


点击

< p>
Accept/Discard


菜单中的


Acce pt


浮动命令,即可进入引物设计模式。


3


,如果序列已经保存为


Seq


格 式或者


FASTA



GenBank< /p>


格式时,


oligo


就可以直接打


开序列文件。



点击


File


菜单中的“Open”浮动命令,找到所需文件,打开即可。

< br>


进入引物设计模式后,


oligo

一般会弹出三个窗口,分别是


6


-碱基频率窗口,碱基退< /p>


火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口,其中的退火温度窗口是我们引物设计的主


窗口,其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用,比如


6

< p>
-碱基频率窗口可以使我


们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的 出现频率,如果我们的模板是基因



DNA

或混合


DNA


时,


该信息就显得有 用了,


而内部稳定性窗口则可以显示引物的


5’


端稳定性是否稍高于


3’端等。




一,普通引物对的搜索:




Mouse 4E



cDNA


序列)为例。我们的目的是以


Mouse 4E



2361 bp


)为模板,设计


一对引物来扩增出


600


< p>
800bp


长的


PCR


产 物。



1.


点击“Search“菜单中的”For Primers and Probes“命令


.


进入引物搜索对话框;



2.


由于我们要设计的是一对


PCR


引物


.


因此正、负链的 复选框都要选上


.


同时选上


Compa tible pairs





Oligo


默认的状态下


.

< br>对此引物对的要求有:


a.


无二聚体;

< br>b.


3’端高度特异


.GC


含< /p>


量有限定


.d.


去除错误引发引物等。< /p>



3.


剩下的工作是确定上、下游引物的 位置及


PCR


产物的长度以及引物设计参数。

< br>


①单击:“search


Ranges”按钮


.


弹出“Search


Ranges”对话 框。输入上游引物的范


围:


1



2000.


下游引物的位置:


100



2300



PCR< /p>


产物的长度


600


800bp




②单击“Paramaters”按钮进入“Search Parameters”对 话框


.


对话框种分三个活


< p>
.


分别是:不同设定


.


参 数以及更多参数。



③在“普通设定”窗口

.


为我们提供了对引物非常直观的设定方法


.


从高到低分六个等



.


最后 还有一个用户定制选项。



④当我们对引物的各种参数的含义及 应该设定多大值并不是特别清楚时


.


就可以直接


设定


Very high/High


等来完成对引物设计参数的设定。



⑤当我们选中“Automatically Change String”后


.Oligo


会在引物搜索过程中:如


果在高 等级设定中无法找到引物对时自动降低一个定级来进行搜索


.


知 道找到引物对。


在设计反向


PCR


引物 对时


.


就选中“Inverse PCR”复选框。



⑥我们还可以让引物的长度可以改变


.


以适应设定的


Tm


值或


PE


?(


Prime Effit ions.


引发效率)。也可以限定所选引物对的最大数目。



⑦在“Parameters”窗口中


.


实际上需要我们改动的只有引物的长度


.


根据试验的要求


作相应的改变


.



23nt


。其他参数就使用


Oligo


的默认值


.


一般无需改变。在“More

Parameters“窗口中


.


一般也无需作任何改变< /p>


.


直接用


Oligo

的默认值。



4.


点击“确认”- “Ok”进入搜索窗口


.


再次单击“OK”后

< br>.Oligo


自动完成引物对的


搜索

.


并出现一个搜索结果窗口。显示出得到的引物对数目。



5.


点击“Ok”


.

< br>出现“PrimerPairs”窗口


.


在窗口中列出了


7


对引物的简单信息


.


引物


位置


.


产物长度


.


最佳退火温度及


GC


含量。


单击“Sort”按钮


.


可以按 产物长度


.


最佳退


火温度及

< p>
GC


含量从小到大或从大到小的顺序排列。



6.


点击任意一对引物


.

< br>在旁边马上弹出一个叫“PCR”的窗口


.


在窗口中我们 可以看到


这对引物在模板中的大概位置


.


最佳退火温度


(该温度可以直接应用于我们实际


PCR



的第二步退火)



另外还有引物的


Tm



.GC


含量


.


引发效率


.


同时还计算出了产物的


Tm


值于引物


Tm


值的差异以及引物间


Tm


值的差异。一般我们尽量保持前者在


20


度以内


.


后者在


5



6


度以内。点击不同的引物对时


.PCR


窗口内容同时作相应的改变。



7.


要想了解引物的详细信息


.


如二聚体


.


发卡结构形成情况、组成、


Tm


值和错误引发位


点等


.


这时 只需点击“Analyze”菜单中的相应命令


.


就可以分别得 到相关信息。


例如点


击“Duplex Formation”


.


我们就可以得到上游引物间


.


下游引物间及上下游引物间形


成二聚体的情况。同理

< br>.


“Hairpin Formation”


.


“Composition and Tm”


.


“False


Priming


Sites”等命令就可以显示出相关信息。 所有这些分析的结果都有助于我们从


Oligo


搜索得到的多对 引物中选择最佳的引物对。



需要说明的是

.1.


如果一次搜索得到的引物对太多时


.


我们可以适当提高选定的条件和


规定更合适的搜索范围来减少引物对数;


2.


引物一般尽量不要在


3’端或是离


3’端太

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